1. BAN VẬN TẢI BIỂN
- Trưởng Ban: Nguyễn Ngọc Ánh
- Phó Trưởng Ban: Hoàng Lê Vượng
- Phó Trưởng Ban: Phạm Thị Anh Thư
2. BAN CẢNG BIỂN VÀ DỊCH VỤ HÀNG HẢI
- Trưởng Ban: Lê Hồng Quân
- Phó Trưởng Ban: Nguyễn Trường Sơn
- Phó Trưởng Ban: Nguyễn Thị Thanh Hà
- Phó Trưởng Ban: Nguyễn Đẳng Song
- Phó Trưởng Ban: Trần Quang Toàn
3. BAN TÀI CHÍNH KẾ TOÁN
- Phó Trưởng Ban phụ trách: Lý Quang Thái
- Phó Trưởng Ban: Hoàng Việt
- Phó Trưởng Ban: Đỗ Tuấn Nam
- Phó Trưởng Ban: Triệu Long Quảng
4. BAN PHÁP CHẾ & QUẢN TRỊ RỦI RO
- Trưởng Ban: Nguyễn Quang Dũng
- Phó Trưởng Ban: Đỗ Bích Ngọc
5. BAN TUYÊN GIÁO – TRUYỀN THÔNG
- Trưởng Ban: Trần Tuấn Hải
- Phó Trưởng Ban: Trần Quý Thi
6. BAN THỊ TRƯỜNG KẾ HOẠCH
- Trưởng Ban: Trịnh Thị Ngọc Biển
- Phó Trưởng Ban: Kiều Phương Ngọc
7. BAN TỔ CHỨC NHÂN SỰ
- Trưởng Ban: Đoàn Thị Thu Hương
- Phó Trưởng Ban: Nguyễn Minh Lan
- Phó Trưởng Ban: Nguyễn Thị Yến
- Phó Trưởng Ban: Trần Thị Kiều Oanh
8. BAN ĐẦU TƯ
- Trưởng Ban: Đỗ Thanh Sơn
- Phó Trưởng Ban: Lương Anh Hoàng
- Phó Trưởng Ban: Nguyễn Hoài An
9. VĂN PHÒNG CƠ QUAN
- Phó Chánh Văn phòng: Trần Thị Hương
- Phó Chánh Văn phòng: Dương Hoàng Anh
- Phó Chánh Văn Phòng: Bùi Mỹ Hạnh
- Phó Chánh Văn Phòng: Nguyễn Văn Chung
- Phó Chánh Văn Phòng: Đỗ Đức Duy
10. BAN THƯ KÝ – TỔNG HỢP
- Trưởng Ban: Nguyễn Thị Hiền
- Phó Trưởng Ban: Phạm Phi Long
11. BAN KIỂM TRA – KIỂM SOÁT NỘI BỘ
- Phó Trưởng Ban: Đỗ Thị Thanh Thủy
- Phó Trưởng Ban: Lê Minh Khôi
- Phó Trưởng Ban: Đỗ Thị Xuân Hương
- Phó Trưởng Ban: Nguyễn Đình Tú
12. TRUNG TÂM CÔNG NGHỆ THÔNG TIN
- Giám đốc: Lê Đông
- Phó Giám đốc: Trần Văn Giang
13. BAN QUẢN LÝ DỰ ÁN CHUYÊN NGÀNH HÀNG HẢI
- Giám đốc: Vũ Quyết Thắng
- Phó Giám đốc: Nguyễn Hoàng Khôi