1. BAN QUẢN LÝ THUYỂN VIÊN VÀ TÀU BIỂN

• Trưởng Ban: Nguyễn Ngọc Ánh
• Phó Trưởng Ban: Hoàng Lê Vượng
• Phó Trưởng Ban: Phạm Thị Anh Thư

2. BAN QUẢN LÝ CẢNG BIỂN VÀ DỊCH VỤ HÀNG HẢI

• Trưởng Ban: Lê Hồng Quân
• Phó Trưởng Ban: Nguyễn Trường Sơn
• Phó Trưởng Ban: Nguyễn Thị Thanh Hà
• Phó Trưởng Ban: Nguyễn Đẳng Song
• Phó Trưởng Ban: Phạm Tuấn Hải
• Phó Trưởng Ban: Trần Quang Toàn

3. BAN TÀI CHÍNH KẾ TOÁN

• Phó Trưởng Ban phụ trách: Lý Quang Thái
• Phó Trưởng Ban: Hoàng Việt
• Phó Trưởng Ban: Đỗ Tuấn Nam
• Phó Trưởng Ban: Lê Duy Dương
• Phó Trưởng Ban: Triệu Long Quảng

4. BAN PHÁP CHẾ & QUẢN TRỊ RỦI RO

• Trưởng Ban: Nguyễn Quang Dũng
• Phó Trưởng Ban: Đỗ Bích Ngọc
• Phó Trưởng Ban: Bùi Mạnh Cường

5. BAN TUYÊN GIÁO – TRUYỀN THÔNG

• Trưởng Ban: Trần Tuấn Hải
• Phó Trưởng Ban: Trần Quý Thi
• Phó Trưởng Ban: Lê Minh

6. BAN THỊ TRƯỜNG KẾ HOẠCH

• Trưởng Ban: Trịnh Thị Ngọc Biển
• Phó Trưởng Ban: Kiều Phương Ngọc

7. BAN TỔ CHỨC NHÂN SỰ

• Trưởng Ban: Đoàn Thị Thu Hương
• Phó Trưởng Ban: Nguyễn Minh Lan
• Phó Trưởng Ban: Nguyễn Thị Yến
• Phó Trưởng Ban: Trần Thị Kiều Oanh

8. BAN ĐẦU TƯ

• Trưởng Ban: Đỗ Thanh Sơn
• Phó Trưởng Ban: Lương Anh Hoàng
• Phó Trưởng Ban: Nguyễn Hoài An

9. VĂN PHÒNG CƠ QUAN

• Phó Chánh Văn phòng: Trần Thị Hương
• Phó Chánh Văn phòng: Dương Hoàng Anh
• Phó Chánh Văn Phòng: Bùi Mỹ Hạnh
• Phó Chánh Văn Phòng: Nguyễn Văn Chung
• Phó Chánh Văn Phòng: Đỗ Đức Duy

10. BAN TỔNG HỢP

• Trưởng Ban: Nguyễn Thị Hiền
• Phó Trưởng Ban: Phạm Phi Long

11. BAN KIỂM TRA – KIỂM SOÁT NỘI BỘ

• Trưởng Ban: Lương Đình Minh
• Phó Trưởng Ban: Lê Minh Khôi
• Phó Trưởng Ban: Đỗ Thị Thanh Thủy
• Phó Trưởng Ban: Đỗ Thị Xuân Hương
• Phó Trưởng Ban: Nguyễn Đình Tú

12. TRUNG TÂM CÔNG NGHỆ THÔNG TIN

• Giám đốc: Lê Đông
• Phó Giám đốc: Trần Văn Giang

13. BAN QUẢN LÝ DỰ ÁN CHUYÊN NGÀNH HÀNG HẢI

• Giám đốc: Vũ Quyết Thắng
• Phó Giám đốc: Nguyễn Hoàng Khôi